当山は江戸時代、寛永7年（1630年）に石田三成の遺子といわれる、大本山-長國山鷲山寺（じゅせんじ）第13世・日乾（にちけん）上人によって鳥越町（とりこえちょう）に 開山されました。
寛文9年（1669年）には坂本伝衛門氏の後ろだてにより、新吉原の西隣にあたる現在の地（台東区千束）に移転し、今日に至っています。

近年改装された本堂に併設される長國寺斎場では、歴史ある寺院ならではの厳かな雰囲気の中で葬儀を行うことができます。