慈光院の建っている場所は、1923（大正12）年9月、関東大震災で3万8千人余の焼死者を出した、陸軍本所被服廠跡です。
震災後、築地本願寺、京都の本山から早速、救護の手がさしのべられ、救護所（現在のあそか病院）・託児所（現在の江東学園幼稚園）が、そして焼死した人々の追悼の場として、また残された者の心のより所としての説教所が設置されました。
説教所は昭和3年9月1日、慈光院として、間口7間2尺奥行10間の本堂が新築され、御本尊の阿弥陀如来像は、京都美術学校教授森鳳声氏の作で、木曽桧を材としています。
以来念仏興隆の道場として、また地域の人々の精神的支柱としての歩みを続けています。