本堂は、２階を本堂、１階を客殿とし、災害に強く、バリアフリーで車いすでもご本尊にお参りできるようになりました。
本堂は、可動式の仕切りによって人数に応じて部屋を分けることがき、さまざまな目的に応じて使用することができます。
本堂には、真行院のご本尊様である阿弥陀如来像の他、法然上人像、摩利支天像、瑠璃観世音菩薩像、四天王像が安置されております。